안녕하십니까? 오상석세무사입니다.

외국을 항행하는 선박등에 공급하는 재화 또는 용역에 대해서는 영세율 적용을 하는 것으로 유류공급도 이에 해당합니다.

질문에서 귀사는 A(수입사)로부터 매입하여 B사(매출처)에 공급하는 거래를 진행하면서 B/L을 양도하는 방식으로 진행한 것으로 보입니다. 이때 최종 B/L양수자인 B사에서 수입통관을 진행하는 것으로 추정됩니다.

사업자가 수입통관 전에 수입물품에 대한 선하증권을 양도하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이므로 A사는 귀사에게, 귀사는 A사에게 세금계산서를 발행해야 할 것입니다. 다만, A사가 수입통관을 진행하는 경우에는 별도로 세금계산서 발행 방법이 특정되어 있으므로(부가가치세법시행령 제61조 제2항 제5호), 귀사는 이에 따라 세금계산서를 발행해야 할 것으로 판단됩니다.

<관련조항>
○ 부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】
② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

5. 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우: 그 재화의 공급가액에서 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액. 다만, 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있다.